Sub pasnica domnie a lui Alexandru cel Bun, ocrotita si inzestrata de ctitori, a dainuit pana la sfarsitul veacului al XV-lea când, din cauza unei alunecari de teren, s-a prabusit. Ruinele ei se vad ?i astazi la 500m distanta de actuala Manastire. Voievodul Petru Rares, iubitor de arta ca si tatal sau, Stefan cel Mare, vrand sa continue existenta Manastirii Moldovita, alege locul putin mai la ses de vechea biserica a lui Alexandru cel Bun si construieste actuala Biserica a Moldovitei în anul 1532, închinând-o aceluiasi hram “Buna Vestire”. În aceeasi epoca, Domnul împrejmuieste Biserica cu ziduri si turnuri de aparare, dandu-i aspectul unei mici fortarete. Fara indoiala ca au existat locuinte, dupa fundatiile care se vad în partea nordica, pe a caror temelii Episcopul Efrem de Radauti, între anii 1610-1612, a construit clisarnita (casa egumeneasca) pentru locuinta sa, pentru pastrarea odoarelor Bisericii si organizarea unei scoli de copisti si miniaturisti, continuand în acest fel opera culturala a lui Rares.
Interesanta este bolta pronaosului – în locul celor patru arce moldovenesti apare un sistem de opt arce intretaiate, avand aspectul unei stele. Gropnita este boltita semicilindric si luminata de o fereastra la sud. La nord-vest se afla o scara de piatra ducand la camera tezaurului. Naosul are doua abside laterale semicirculare, continuandu-se cu absida altarului în aceeasi forma, si este luminat de patru ferestre mai mici decat cele din pronaos. Deasupra naosului se ridica turla – inalta, circulara in interior si octogonala la exterior, asezata pe doua baze suprapuse în forma stelata. Sistemul de boltire este cel traditional moldovenesc, asemanator celorlalte biserici din epoca lui Petru Rares. Pardoseala este in intregime din piatra. In exterior, biserica si turla sunt ornate la cornisa cu un rand de ocnite si firide alungite la abside. Acoperisul bisericii este in intregime din sita de brad.
Manastirea Moldovita este a doua dupa Humor si ultima dintre manastirile bucovinene avand pridvorul deschis.
Pictura interioara nu se abate de la traditie, însa Rastignirea (naos) e socotita cea mai valoroasa realizare pe aceasta tema din bisericile Bucovinei. Se fac în mod curent asemanari cu arta italiana (Coborarea de pe cruce) sau cu iconarii Novgorodului din sec. XV (Plangerea lui Iisus, peretele de nord). In conca altarului, la o masa concava, Cina cea de taina il are pe Iisus la centru intr-o atitudine plina de caldura. Bogatia elementelor figurative si decorative, stralucirea coloritului, sunt impresionante la Fecioara oranta din bolta pronaosului ca si la Maica Domnului Induratoare din timpanul portalului, imagine mai umanizata si mai tragica decat în orice alta iconografie.
La Manastirea Moldovita pictura reprezinta un tot unitar de cultura generala – pe langa scenele religioase. In exterior se pot vedea scene istorice (Asediul Constantinopolului) si cu aspect cultural (Filosofii antici). Pe stalpul de pe fatada sudica sunt redati sfintii militari (Sf.Gheorghe, Sf.Dimitrie, Sf.Mercurie). În continuare, pe aceeasi fatada, la partea superioara este reprezentat “Imnul acatist”, una dintre cele mai frumoase teme iconografice care se poate vedea la bisericile din Bucovina. Alaturi de “Imnul acatist” si “Asediul Constantinopolului” apar si “Rugul lui Moise” si Arborele lui Iesei” (tema care ilustreaza genealogia lui Iisus si nu lipseste de la nici o biserica cu picturi exterioare din Moldova). La baza întregii picturi interioare si exterioare, care se desfasoara dupa un program precis, sta un principiu caracteristic artei crestine – acela de a oferi prin pictura sinteza adevarurilor religiei. Spre deosebire de pictura din secolul al XV-lea, care vorbeste mai mult prin sobrietate si simbolism, cea de la Moldovita, desi continua traditia bizantina, are un caracter mult mai realist, narativ. Realismul cu care sunt tratate personajele si felul în care sunt asezate în cadrul respectiv, insufla viata scenelor. In intreaga pictura figurile sunt judicios distribuite, urmând sa puna în valoare proportiile armonioase ale bisericii. Siluetele elegante ale personajelor sunt în acord cu suprafata curba a absidelor, în perfecta concordanta cu arhitectura monumentului.
Catapeteasma este sculptata in lemn, pictata si aurita, adevarata opera de arta. Partea superioara, pana la candele, dateaza din secolul al XVI-lea, iar cea inferioara din secolul al XVIII-lea.
